Germline剖析49 264名癌症病人肿瘤检测变异
作者数 :Z级库兹巴里市班达穆迪LovedayMF伯杰市曼德尔克市特恩布尔
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DOI:https://doi.org/10.1016/j.annonc.2022.12.003
亮点
- 战略滤波提高子线转换率,最小损耗肿瘤中真实子线变异
- Germline过滤肿瘤检测变异率对基因等非常高(>80%)BRCA1BRCA2并PALB2
- Germline过滤肿瘤检测变异率极低( <2%)等基因APPTP53并STK11
- Germline后续应包含多科知识并跟踪肿瘤上下文专家指导
- 据我们所知,这是迄今为止最大子线聚焦分析,包括49 264对称肿瘤正常样本
后台
ESGO精密医学工作组重新召集更新2018/19建议,跟踪唯一肿瘤测序所检测的推理变异,这些变异基于17 152癌症分析
方法论
包括49 264对称肿瘤正常样本过滤器对肿瘤检测变异 基础为变异 Alele频率(VAF)、预测致病性和群变频58个癌症易感基因中,我们随后检查过滤肿瘤检测变异真菌源比例(gemline转换率(GCR))。基于癌症诊断年限、特殊肿瘤类型和语法状态(成熟肿瘤基因关联),我们进行了子分析
结果
分析45,472非高度固态肿瘤样本发现21,351过滤肿瘤检测变异3,515原生真菌3.1%真子线病原体变异从过滤肿瘤检测变异中缺失基因类BRCA1BRCA2并PALB2GCR过滤肿瘤检测变异逆向选择TP53装甲运兵车并STK11GCR <2%
结论
以战略子线为重点的分析可优先检测肿瘤变异子集,对子线跟踪将产生最可操作真子变异最大丰收子行跟踪肿瘤单次排序时,我们提出了更新建议,包括(一) 修改5%最小元GCR,(二) 加入可操作中间穿透基因自动取款机并CHEK2定义7类“最可诉性”癌症易感基因BRCA1、BRCA2、PALB2、MLH1、MSH2、MSH6中转跟踪建议不计肿瘤类型